15  Organisere og gjennomføre en analyse

I denne workshopen er målet å organisere og gjennomføre en analyse ved hjelp av Jamovi. En dataanalyse er ikke begrenset til rapporten som blir generert fra den, isteden inneholder et analyseprosjekt flere deler som sammen “skaper” rapporten.

15.1 Bakgrunn til datasettet

I denne workshop skal vi arbeide med et datasett fra (Rønnestad et al. 2021). Hensikten med studien var å se på effekten av to forskjellige typer av økter i en “mikrosyklus” (1 uke trening). Deltakere gjennomførte enten fem økter med korte intervaller (30 sek arbeid, 15 sek hvile), eller fem økter med lange intervaller (5 min arbeid, 2.5 min hvile).

Rønnestad, Bent R., Sjur J. Øfsteng, Fabio Zambolin, Truls Raastad, and Daniel Hammarström. 2021. “Superior Physiological Adaptations After a Microcycle of Short Intervals Versus Long Intervals in Cyclists.” International Journal of Sports Physiology and Performance 16 (10): 1432–38. https://doi.org/10.1123/ijspp.2020-0647.

15.2 Organisering av data

Dere har fått som oppgave å analysere dataene fra prosjektet og får en excel-fil for analyse (du finner datasettet her). Du har også fått en tabell med variabelnavn og informasjon om hvordan dataene har blitt orgnisert (se tabell under).

Denne informasjonen kan fungere som starten på en beskrivelse av hele analyseprosjektet. Vi vil nå starte med å opprette en README-fil som tar utgangspunkt i hensikten med studien og de data vi har tilgang til.

Et README-dokument bør være et levende dokument, noe du arbeider med gjennom hele prosjektet. Når vi starter et nytt arbeid ønsker vi å beskrive hva hensikten er og muligens hvilke data vi har tilgang til. Et godt format for en README-fil er .txt. Dette filformat kan leses av alle uansett programvarer og editering er enkel.

I en tekst-fil kan vi bruke #-tegnet for å indikere overskrifter, hvor en # er overskrift nivå 1 (den største) og ## gir neste nivå, osv.

En tabell kan vi lage ved å bruke følgende syntax:

|Variabel |Beskrivelse|Test
| ---     | ---       |
|subject  | Deltakere (id) |

Vi ønsker å ha med noen overskrifter når vi starter arbeidet, du kan f.eks. starte med:

# Titel på prosjektet

## Bakgrunn og hensikt
Her under beskriver vi hva vi kjenner til om prosjektet og hensikten med analysene...


## Data og variabler
Beskriv variabler som du vil bruke i analysen, inkluder så mye informasjon som mulig
(Hva (enheter), når, hvordan, osv.)
Variabel Beskrivelse Test
subject Deltakere (id)
group Gruppe: SI, “short intervals”; LI, “Long intervals”
time Tids-punkt for test: pre, i forkant av intervensjon; post, etter intevensjon
body.mass Vekt (kg)
body.height
age Alder ()
lactate.max VO2maks-test
peak.HR VO2maks-test
RPE.max VO2maks-test
VO2max VO2maks-test
RER.max VO2maks-test
VE.max VO2maks-test
Wmax VO2maks-test
power.4mmol Submaks-test (terskel)
vo2.4mmol Submaks-test (terskel)
MAP Submaks-test (terskel)
mean.power.allout Prestasjonstest (15 min all-out)
vo2.mean.allout Prestasjonstest
vo2.peak.allout Prestasjonstest
hr.mean.allout Prestasjonstest
hr.peak.allout Prestasjonstest
RPE.allout Prestasjonstest
lactate.allout Prestasjonstest

15.3 Organisering av data i Jamovi

Når vi bruker Jamovi kan det være lurt å re-organisere dataene sånn at hver “sub-analyse”, eller hvert gruppe av analyser får en egen omv-fil. Nå får vi også mulighet til å kontrollere variabler og sette opp data for det test som vi tenker skal besvare spørsmålene i prosjektet.

Men hva er spørsmålene?

Oppgave: Lag en analyseplan

  • En enkel analyseplan definerer hvordan en løst formulert problemstilling skal bli besvart. En forskjell i forandring fra pre- til post-intervensjon mellom to grupper kan for eksempel bli besvart gjennom en uavhengig t-test på forandringsskår. Et alternativ som trolig har mer statistisk styrke er en ANCOVA, gitt at antagelser tillater det (A. J. Vickers 2001; Andrew J. Vickers and Altman 2001).

  • Før vi kan hvordan vi skal analysere utfallet i studien bør vi bestemme hva vi skal analysere. Hva er utfallet? Dette er ikke alltid helt klart fra en løst formulert problemstilling. Diskuter hva vi ønsker å måle effekten av intervensjonen i.

  • Når man bestemt hva og hvordan man ønsker å analysere bør dette føres inn i README-file. For eksempel:

## Analayse

Utfallsmålene XXX og YYY blir analysert som forskjell i forandringsskår mellom 
grupper ved hjelp av en ZZZ...

  • Valget av variabler og analysestrategi gir oss utgangspunktet for å lage en Jamovi-fil. Diskuter hvordan de beslutninger som ble tatt over gir organiseringen av omv-filen.

  • Vi ønsker også å beskrive andre variabler for leseren av rapporten, variabler som beskriver utvalget, diskuter hvordan disse kan analyseres på best måte.

  • For hver omv-fil vi skaper legger vi til informasjon i README-filen.

Vickers, Andrew J., and Douglas G. Altman. 2001. “Analysing Controlled Trials with Baseline and Follow up Measurements.” BMJ : British Medical Journal 323 (7321): 1123–24. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1121605/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1121605/pdf/1123.pdf.
Vickers, A. J. 2001. “The Use of Percentage Change from Baseline as an Outcome in a Controlled Trial Is Statistically Inefficient: A Simulation Study.” BMC Med Res Methodol 1: 6. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC34605/pdf/1471-2288-1-6.pdf.

15.4 Rapportering av resultater

Resultater vil lages i Jamovi, resultatene skal senere også rapporteres i et manus (muligens en word-fil). I forkant av overføring til rapporten kan vi bruke Jamovi for å beskrive hva vi gjør og hvorfor.

Oppgave: Gjennomfør og beskriv analyser
  • Ved hjelp av Jamovi, sett opp analysene og beskriv resultatene fra de i jamovi. Teksten (og tabelle og figurer) kan limes inn i en word-fil.
  • Bruk f.eks. power point for å editere figurer.
  • Diskuter hvordan analysene på best måte kan presenteres